拥有世界级推理小说家父亲的高中生侦探——工藤新一。解决了许多疑难案件的他，某一天在和青梅竹马毛利兰约会的途中，目击了神秘黑衣男子的交易。男子为了将证人灭口，给新一灌下了毒药，虽然勉强保住了性命，却变成了小孩子的样子……若是让组织知道工藤新一还活着，连周围的人都会陷入危险。 他化名“江户川柯南”，继续解决疑难案件。这全部都是为了查明神秘组织的真面目，恢复作为工藤新一的自己……这个世界上不会有解不开的谜。无所不知的名侦探，真相永远只有一个。